Direkt am bekannten Fluss Isonzo liegt die Gemeinde San Canzian d'Isonzo. Sie liegt circa 30 Kilometer von der Hauptstadt Gorizia entfernt.
Die Nachbargemeinden von San Canzian d'Isonzo sind Grado, San Pier d´Isonzo, Turriaco, Fiumicello, san canzian d'isonzo und Staranzano.